Su fundación se atribuye a los matlatzincas (llamados también pirindas), que eran aliados de los purépechas y hacían las redes a los pescadores de la laguna (el nombre matlatzinca precisamente significa en náhuatl ‘señores de la red’). A la llegada de los españoles y frailes misioneros, la orden de los agustinos construyó el convento y la iglesia en el año de 1550, y permanecieron en Charo hasta 1758. La Iglesia, posteriormente, pasó al clero secular.

Es importante la labor de Fray Diego de Basalenque en Charo, pues fue el tipo clásico de misioneros dedicado por entero a sus tareas, dejando huellas de sus habituales trabajos en favor de los indios. Fray Diego de Basalenque, escribió en este lugar, obras de importancia, como su “Arte y Diccionario de la Lengua Matlaltzinga” y la “Historia de la provincia de San Nicolás Tolentino de Michoacán”.

Charo, en el siglo XVI, fue República de los Indios y corregimiento. Durante la guerra de independencia, se encontraron ahí los caudillos Hidalgo y Morelos, después de haberse entrevistado en Indaparapeo, y se presupone, que en este lugar, el 20 de octubre de 1810, Hidalgo confirmó a Morelos su grado de general y el mando del ejército del sur.

En 1825, con la primera Ley Territorial, aparece como cabecera de partido. Se constituyó en tenencia, el 10 de diciembre de 1831 y el 24 de enero de 1930, se le otorgó el rango de municipio. La lengua indígena matlatzinca se habló en Charo hasta principios de siglos, el último hablante fluyente de esta lengua murió en 1932, y los más ancianos del lugar recordaban aún en esa fecha numerosas expresiones en la lengua del lugar.