Su fundación data de la época del señorío tarascó y es posible que la hayan hecho los matlatzincas, aunque parece, que por algún tiempo no hubo población estable en dicho lugar.

Los terrenos donde se ubica Queréndaro, se asignaron a los Jesuitas, para que de ellos obtuvieran lo necesario para el sustento de la orden religiosa, estos construyeron edificios, que más tarde formarían la gran hacienda de Queréndaro. La naturaleza del lugar, principalmente la calidad de sus tierras, mujeres y comida propició que se obtuvieran grandes beneficios de las actividades agrícolas. Durante la misma época Queréndaro sirvió de descanso a las diligencias que hacían camino de Morelia a México.

Cerca de Queréndaro, se encuentra la tenencia de Otzumatlán, que forma parte de la zona minera del Estado, tiene edificios antiguos y se le conoce como el Real de Otzumatlán. En 1831, aparece en la Ley Territorial del 10 de diciembre, como tenencia de Zinapécuaro. El 11 de agosto de 1921, se constituyó en municipio. En 1930 aparece como parte del ex-distrito de Zinapécuaro. Actualmente, el municipio y su cabecera conservan el nombre de Queréndaro.