En la ley territorial del 13 de diciembre de 1855, aparece como tenencia del municipio de Paracho. El 20 de noviembre de 1861, se le otorga el rango de municipio, perteneciendo al distrito de Paracho, junto a Nahuatzen y Charán el Grande. En este tiempo, llevaba el nombre de Charapa. En 1862, al dividirse el estado en departamentos, Charapan no aparece considerado como municipalidad, lo que hace suponer que se le asignó la categoría de tenencia. En 1901, el congreso expidió un decreto en relación al territorio y la administración del estado, donde aparece nuevamente Charapan como municipio, considerándose que en ese año sele restituyó el cargo.